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技术支持

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高通量测序样品

样品制备指南

动植物基因组de novo 测序

 

样品总量:小片段文库样本制备需要总量大于1 μg 的样品,mate-pair 文库(2 kb、5 kb、10 kb、)样品,制备需要总量20-50 μg ,

为保证实验质量?#25226;有?#24615;,请一次性提供至少2 次样本制备总量;

样品浓度纯度:样品浓度>200 ng/μl,OD260/280 介于1.8-2.0 之间,无蛋?#23383;省NA 或者肉眼可见杂质污染;

样品质量:基因组完整、无降解,电泳结果基因组DNA 主带应在入-Hind llldigest 最大条带23 KB 以上且主带清晰,无弥散;

样品保存:请保存于干粉、酒精、TE buffer 或超?#20811;?#20013;,并请在样品信息单中注明。

 

动植物基因组重测序

 

DNA 样品总量:每次建库需要准备样品1 μg,建议单次?#33073;?#25552;供2 次制备总量;

样品浓度和纯度:样品浓度>50 ng/μl,OD260/280 介于1.8-2.0 之间,无肉眼可见杂质污染,基因组完整、无降解,电泳中DNA 主带

应大于23 kb;

样品选择:对于植物样品建议选取黑暗培养的黄化苗或嫩苗,动物样品应选择肌肉、血等脂肪含量较少的组织进行取样;

样品保存:请选择干粉、酒精、TE 或超?#20811;?#30340;保存方?#20581;?/span>

 

全外显子组及目标区域重测序

 

DNA 样品总量:请一次性提供至少1 μg 高质量的基因组DNA;

样品浓度和纯度:样品浓度>50 ng/μl,OD260/280 介于1.8-2.0 之间,无肉眼可见污染;

样品质量:基因组完整、无降解,电泳中DNA 主带应大于23 kb;

样品选择:对于植物样品建议选取黑暗培养的黄化苗或嫩苗,动物样品应选择肌肉、血等脂肪含量较少的组织进行取样;

样品保存:请选择干粉、酒精、TE 或超?#20811;?#20013;进行保存。

 

微生物基因组de novo 测序

 

DNA 样品总量:小片段文库样品制备需要总量3 μg 的样品,mate-pair 文库(2 kb、5 kb、10 kb)样品制备需要10-50 μg 的样

品, 为保证实验质量?#25226;有?#24615;,请一次性提供至少2 次样品制备量;

样品浓度和纯度:样品浓度>100 ng/μl,OD260/280 介于1.8-2.0 之间,无肉眼可见污染;

样品质量:基因组完整、无降解;

样品选择:对于细菌和真菌样品,希望尽量来自于同一个菌株,不要有宿主DNA 污染;

样品保存:请选择干粉、酒精、TE 或超?#20811;?#30340;保存方式之一。

 

转录组测序


转录组样品:RNA 样品总量: ≥ 1.0 μg,RNA 样品浓度: ≥ 50 ng/μl;

样品浓度和纯度:样品浓度>100 ng/μl,OD260/280 介于1.8-2.0 之间,无肉眼可见污染;

样品质量:使用Agilent Bioanalyzer 仪器检测,则获得的总的RNA 28S:18S >1,RIN 动物>7,RIN 植物 >6.5;

样品选择:对于细菌和真菌样品,希望尽量来自于同一个菌株,不要有宿主DNA 污染;

样品保存:请选择乙?#32908;EPC 水保存样品,并在样品信息单中注明;

样品运输:样品请置于1.5 ml 管中,并使用封口膜封好后干冰运输, 请勿反复冻融。


小RNA 测序


RNA 样品总量:一次性提供至少3 μg 高质量的总RNA;

样品浓度和纯度:样品浓度>100 ng/μl,OD260/280 介于1.8-2.0 之间,无肉眼可见污染;

样品质量:使用Agilent Bioanalyzer 仪器检测,则获得的总的RNA 28S:18S >1,RNA>7.5;

样品保存:请选择乙?#32908;EPC 水保存样品,并在样品信息单中注明;

样品运输:样品请置于1.5 ml 管中,并使用封口膜封好,放置足够的干冰运输。

 

lncRNA 测序

 

转录组样品:RNA 样品总量 ≥ 2.0 μg,RNA 样品浓度 ≥ 100 ng/μl;

样品浓度和纯度:样品浓度>100 ng/μl,OD260/280 介于1.8-2.0 之间,无肉眼可见污染;

样品质量:使用Agilent Bioanalyzer 仪器检测,则获得的总的RNA 28S:18S>1,RIN 值 >7.5;

样品选择:对于细菌和真菌样品,希望尽量来自于同一个菌株,不要有宿主DNA 污染;

样品保存:请选择乙?#32908;EPC 水保存样品,并在样品信息单中注明;

样品运输:样品请置于1.5 ml 管中,并使用封口膜封好后干冰运输,请勿反复冻融。

 

表观遗传学相关DNA 测序

 

DNA 样品总量:全基因甲基化测序需提供3 μg 的基因组DNA,RRBS 需提供至少4 μg 的DNA,ChIP-seq 和MeIDP-seq 需提供

至少30 ng 的抗体富集后的DNA 片段样品(片段长度200-500 bp),为保证质量和?#26377;?#24615;,请一次性提供至少2 次样本制备量;

样品浓度和纯度:基因组DNA 样品浓度>100 ng/μl,富集后DNA 样品浓度>5 ng/μl,OD260/280 介于1.8-2.0 之间,无肉眼可见污染;

样品保存:请选择乙?#32908;⒋克?#36827;行保存,并在样品信息单中注明;

样品运输:请将样品置于1.5 ml 管中,并用封口膜封好。

 

宏基因组测序

 

样品总量:?#32938;?#32454;菌多样性分类一次文库制备所需要的样品量为1 μg DNA,宏基因组测序一次文库制备所需要的样品量为3 μg DNA,

为保证实验的质量?#25226;有?#24615;,请一次性提供至少两次的制备量(注:不同?#32938;矰NA 质量差别较大,具体样品量请咨询当地技术人?#20445;?

样品浓度和纯度:?#32938;?#26679;品浓度>50 ng/μl,宏基因组为30 ng/μl,OD260/280 介于1.8-2.0 之间,无蛋?#23383;省NA 或肉眼可见杂质污染;

样品质量:基因组完整、无降解,电泳结果基因组DNA 主带在预期位置,清晰,无弥散,cDNA 片?#20301;?#26679;品,片段大小符合预期位置;

样品保存:请选择干粉、酒精、TE buffer 或超?#20811;?#19968;种,并在样品信息单中注明;

样品运输:请将样品置于1.5 ml 管中,做好标记,并用封口膜好,并同《测序样?#33539;?#21333;》一起放在塑料样品袋封口,基因组DNA 如果

用乙醇沉淀,可以常温运输。

 

双酶切RAD 测序

 

?#31361;?#25552;供:?#24247;?#29289;种的基因组信息或近源参考基因组的信息,限制性内切酶的种类信息;

样品总量:每个样品制备需要大于3 μg 的样品,为保证实验质量?#25226;有?#24615;,请一次性提供至少4 μg 的样品;

样品浓度和纯度:样品浓度>50 ng/μl,OD260/280 介于1.8-2.0 之间,无蛋?#23383;省NA 或肉眼可见杂质污染;

样品质量:基因组完整、无降解,电泳结果基因组DNA 主带应在-Hind III digest 最大条带23 kb 以上且主带清晰,无弥散;

样品保存:请选择干粉、酒精、TE buffer 或超?#20811;?#19968;种,并在样品信息单中注明。

 

细胞器基因组de novo 测序

 

样品总量:使用密度梯度离心分离后的样品一次制备DNA 文库的量至少为0.5 μg DNA,PCR 富集方法样品一次制备需要至少

200 ng DNA,建议?#31361;?#25552;供两次计品的总量;

样品浓度和纯度:OD260/280 介于1.8-2.0 之间,无蛋?#23383;省NA 或肉眼可见杂质污染;

样品质量:基因组完整、无降解,电泳结果基因组DNA 主带清晰,无弥散;

样品保存:请选择干粉、酒精、TE buffer 或超?#20811;?#19968;种,并在样品信息单中注明。

 

扩增子测序

 

常见?#32938;?#26679;本(请使?#37238;?#20912;或冰袋运送)?#21644;?#22756;、淤泥、沉积物 ≥ 3 g,粪便 ≥ 500 mg,组织样本 ≥ 1g;

水体?#33073;?#20026;过滤后的滤膜( 最?#20107;?#33180;?#26412;?-4 cm,孔径大小一般选择0.22 μm 或者0.45 μm);

拭子样本 ≥ 2 个;

DNA/PCR 产物(请使?#37238;?#20912;或冰袋运送);

DNA:浓度 ≥ 5 ng/μl,总量 ≥ 150 ng,DNA 要有明显主带,无降解,无RNA、蛋?#23383;?#31561;杂质污染;

PCR 产物:浓度 ≥ 20 ng/μl,总量 ≥ 400 ng,片段大小< 450 bp,条带单一,无降解,无引物二聚体。



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